Знаете, в ВАДИСе написано, что при пуске двигателя ЭБУ обеспечивает фиксированное регулирование момента зажигания, но когда двигатель прогревается до рабочей температуры, тогда ЭБУ начинает регулировать момент зажигания по датчику детонации.
Посмотрите его, может в нем причина. По любому у Вас какой-то датчик мозг компостирует. Потому как алгоритм запуска двигателя и его прогрева сильно отличается от алгоритма работы двигателя при рабочей температуре. При прогретом движке подключается куча датчиков которые при прогреве не задействованы.
Удачи!